Līdz 13. gadsimta beigām Jonišķi (latviskais nosaukums Jānišķe) atradās Zemgales valstī un netālu no tās atradās Sidrabes pilskalns (iespējams, tagadējais Kalneļu pilskalns 4 kilometri uz rietumiem no pilsētas), kas pieminēts Atskaņu hronikas tekstā sakarā ar 1289. gada kauju starp zemgaļiem un Livonijas ordeni. Līdz pat 15. gadsimtam tā bija strīdus teritorija starp Livonijas ordeni un Lietuvas .
Pirmās ziņas par Jonišķiem ir no 1523. gada, kad Viļņas bīskaps Jonas, no Žemaitijas bīskapa uzzinājis par Pērkona pielūdzēju lielo skaitu Livonijas ordeņa zemju pierobežā, 1526. gadā lika dibināt katoļu draudzi un uzcelt baznīcu, kas tika nosaukta viņa vārdā. Poļu-zviedru kara laikā Polijas-Lietuvas valdnieks Sigismunds III Vāsa 1616. gadā lika miestam piešķirt Magdeburgas tiesības. Pēc Lietuvas nonākšanas Krievijas impērijas varā, Jonišķus 1795. gadā piešķīra ķeizarienes Katrīnas II favorītam Platonam Zubovam, kas šeit saimniekoja līdz 1822. gadam.
Miesta uzplaukums sākās pēc lielceļa Rīga - Tilzīte - Kēnigsberga izbūves 1830. - 1857. gadā. 1897. gadā tajā dzīvoja 4774 iedzīvotāji, no kuriem 2272 bija ebreji, bija arī daudz latviešu, pastāvēja latviešu luterāņu draudze. Pirmā Pasaules kara laikā tika uzbūvēta dzelzceļa līnija Jelgava—Šauļi—Tilzīte. Pēc neatkarīgās Lietuvas Republikas nodibināšanas Jonišķiem 1923. gadā piešķīra pilsētas tiesības. No 1921. gada pilsētā darbojās latviešu vidusskola un vairākas latviešu biedrības, tika izdots laikraksts "Lietuvas Latvis".
Jonišķi ir lietuviešu ebreju izcelsmes britu aktiera Lorensa Hārveja (Laurence Harvey, līdz 1946. gadam Harijs (Lerijs) Skikne, 1928-1973) dzimtā pilsēta.
Adrese: Lietuva, Jonišķis
